W strukturze aparatu skarbowego mieści się kontrola skarbowa. Aparat kontroli skarbowej, podobnie jak aparat poboru podatków, dzieli się na kilka powiązanych ze sobą organów administracyjnych. Urzędy kontroli skarbowej wykonują właściwe czynności kontrolne. Mieszczą się na obszarze każdego województwa w Polsce. Na ich czele stoją dyrektorzy poszczególnych urzędów kontroli skarbowej. Ich zadaniem jest organizować pracę urzędu, ustalać plan kontroli i upoważniać inspektorów do organizowania kontroli. Nie mogą jednak ingerować w czasie kontroli. Dyrektor urzędu jest wybierany, na wniosek Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, przez Ministra Finansów. Istnieje też możliwość, że będzie on w tym samym czasie inspektorem kontroli skarbowej. Inspektorzy skarbowi są jednoosobowymi i niezależnymi jednostkami kontroli skarbowej. Do ich szablonowych zadań należy rozpoczynanie postępowania kontrolnego na podstawie potwierdzenia podpisanego przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej oraz pisemnego zawiadomienia.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej jest instytucją wyższego stopnia w stosunku do do inspektorów. Jego obowiązkiem jest wyznaczanie zadania kontroli skarbowej i organizowanie systemu informacji. Jego siedziba ma miejsce w Ministerstwie Finansów. Pod niego podlegają każde mniejsze organy kontrolne.