Struktura aparatu skarbowego opiera się na aparacie poboru podatków. Ten z kolei składa się z dwóch organów administracyjnych: urzędy skarbowe oraz izby skarbowe. Najmniejszymi organami rządowej administracji specjalnej w zakresie lokalnym są urzędy skarbowe nadzorowane przez izby skarbowe. Elementy organizacyjne mogą posiadać formę działu, referatu lub miejsca pracy. Dowodzi nimi naczelnik urzędu skarbowego.
Organami wyższego stopnia w zakresie wojewódzkim są izby skarbowe. Na ich czele stoi dyrektor. Dodatkowo do standardowych zadań izb należy: nadzór nad urzędami skarbowymi oraz orzecznictwo w drugiej instancji w sprawach podatkowych należności budżetowych, kar skarbowych, jak również egzekucja opłat pieniężnych i kar. Izby skarbowe są również zobowiązane do sprawowania czynności związanych z wykonywaniem kontroli podatkowej, dewizowej i finansowej oraz weryfikacja rocznych sprawozdań finansowych przedsiębiorstw państwowych i innych państwowych jednostek organizacyjnych. Koordynują też firmy dyplomowanych biegłych księgowych w przedsiębiorstwach i zakładach objętych tą kontrolą.