Każdy urząd skarbowy w Polsce swoją strukturę organizacyjną określoną ma w Polsce swoją strukturę organizacyjną mają] określoną indywidualnymi rozporządzeniami, wydanymi przez naczelnika danego urzędu. Rozporządzenia te tworzą regulamin organizacyjny.
Ze względu na rozmiar podległego terytorium, urząd skarbowy składa się z różnej wielkości działów, wieloosobowych stanowisk, samodzielnych referatów, referatów , a także samodzielnych stanowisk. Dla przykładu, struktura organizacyjna Urzędu Skarbowego w Nysie, składa się z:
- samodzielnego stanowiska kadr i szkolenia
- działu egzekucyjnego
- samodzielnego referatu podatków majątkowych i opłat
- samodzielnego stanowiska informatyki
- samodzielnego referat ds. pomocy publicznej i ulg
- wieloosobowego stanowiska rachunkowości budżetowej
- działu podatku dochodowego od osób prawnych i fizycznych prowadzących działalność gospodarczą
- działu rachunkowości podatkowej
- działu podatków pośrednich
- samodzielnego stanowiska obsługi prawnej
- działu kontroli podatkowej
- wieloosobowego stanowiska spraw karnych skarbowych
- działu podatku dochodowego od osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej
- samodzielnego referatu ewidencji i identyfikacji podatników
- samodzielnego stanowiska ochrony informacji niejawnych
- samodzielnego referatu spraw ogólnych
Zadania urzędu skarbowego
Bez względu na ilość działów i referatów, do obowiązków każdego urzędu skarbowego należy:
- współpraca z Szefem Krajowego Centrum Informacji Kryminalnych w zakresie niezbędnym do realizacji jego zadań ustawowych
- wykonywanie kar majątkowych, w zakresie określonym w przepisach Kodeksu Karnego Wykonawczego oraz Kodeksu Karnego Skarbowego
- podział i przekazywanie, na zasadach określonych w oddzielnych przepisach, dochodów budżetowych między budżetem państwa i budżetami gmin
- wykonywanie egzekucji administracyjnej należności pieniężnych oraz kar w zakresie określonym w Kodeksie Karnym Wykonawczym
- rejestrowanie podatników oraz przyjmowanie deklaracji podatkowych
- orzecznictwo w pierwszej instancji w sprawach karnych skarbowych
- wykonywanie zadań określonych odrębnymi przepisami
- wykonywanie egzekucji administracyjnej należności pieniężnych
- ustalenie i pobór podatków oraz niepodatkowych należności budżetowych
- prowadzenie dochodzeń w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe
- wykonywanie funkcji oskarżyciela publicznego w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe
- wykonywanie kontroli podatkowej
Hierarchia w aparacie skarbowym
Na czele wszystkich urzędów skarbowych stoją naczelnicy, których powołuje, w drodze konkursu, minister finansów. Jednostką nadrzędną nad urzędem skarbowym jest kontrolująca go izba skarbowa. To na wniosek dyrektora tej izby, minister finansów odwołuje z funkcji niekompetentnego naczelnika.